Como madridista ha marcado 27 goles en esta competición.

Gracias a sus dos goles en la última victoria liguera ante el Espanyol, Isco sumó su quinto doblete liguero en el Real Madrid. El malagueño logró el primero a los pocos partidos de su estreno como jugador blanco, en una victoria en el Bernabéu contra el Athletic (3-1) en septiembre de 2013. La edición 2016/17 fue la mejor en este aspecto, ya que consiguió tres dobletes.

Isco sumó dos tantos en las goleadas al Betis (1-6) y al Granada (5-0), y fue decisivo en la visita al Sporting (2-3) en el tramo final de la Liga. Tras el triunfo frente al Espanyol, la cuenta goleadora del centrocampista asciende a tres dianas, ya que la primera llegó ante el Manchester United en la Supercopa de Europa, donde fue elegido MVP del partido.